HIGHLIGHTS
- who: u0411u044eu043bu043bu0435u0442u0435u043du044c u0444u0438u0437u0438u043eu043bu043eu0433u0438u0438 u0438 u043fu0430u0442u043eu043bu043eu0433u0438u0438 and collaborators from the (UNIVERSITY) have published the research work: u041cu041eu0414u0418u0424u0418u041au0410u0426u0418u042f u041bu0418u0413u0410u041du0414u0410 TRPM8, in the Journal: (JOURNAL)
SUMMARY
Bûlleten` fiziologii i patologii dyhaniâ=Bulletin Physiology and Pathology of Respiration 2022;:32-36 (in Russian). При создании новых лекарственных средств находят применение методы in silico. Указанный подход позволяет выявлять низкомолекулярные лиганды, обладающие высоким сродством к белку, но не может ответить на вопрос: является ли лиганд агонистом или антагонистом белка. В настоящей работе приводятся результаты использования виртуальной модификации структуры классического агониста TRPM8 ментола для решения указанной задачи. делирования PyMol, инструментарий которой позволяет проводить изменения структуры любого химического соединения. Для выявления особенностей стыковки ментола и его модифицированного производного в молекулярном кармане TRPM8 использовали сервис виртуальной молекулярной лаборатории Galaxy7TM, позволяющий с помощью методов гибкого межмолекулярного докинга определить, с какими аминокислотными остатками взаимодействует лиганд. Ментол взаимодействует с рецептором через молекулярный карман, в состав которого входят Y745 и R842. При образовании комплекса возникает водородная связь между гидрокси-группой ментола в мета-положении и остатком Y745. 3). Из-за симметричного расположения гидрокси-групп в орто-положениях модифицированной молекулы, лиганд вынужден образовывать связи с близлежащими аминокислотными остатками (аспарагиновой кислотой 802, фенилаланином 839 либо R842), игнорируя Y745. Благодаря образованию водородных связей с указанными аминокислотными остатками, лиганд перекрывает доступ к Y745, главной аминокислоте в активном центре, отвечающей за работу ионного канала, и ведет себя скорее как антагонист - конкурентный ингибитор природного лиганда (ментола). Зеленым пунктиром указаны водородные связи между гидрокси-группами лиганда и аминокислотных остатков, находящихся вблизи тирозина Y745. для разделения лигандов белков на агонисты и антагонисты. Заключение В ходе проведенного исследования методами in silico удалось модифицировать 3D-структуру ментола и получить лиганд, связывающийся с TRPM8 иначе, чем природный. The Universal Protein Resource (UniProt). https://www.uniprot.org/ 8. @@
ACRONYMS
LAY DEFINITIONS
- Protein structure: Protein structure is the three-dimensional arrangement of atoms in a protein . . .
If you want to have access to all the content you need to log in!
Thanks :)
If you don't have an account, you can create one here.