Resumo: introdução: a malária é uma doença infecciosa de alta transmissão na região amazônica, porém sua dinâmica e distribuição espacial podem variar, dependendo da interação de fatores ambientais, socioculturais, econômicos e políticos e serviços de saúde. objetivo : verificar a existência de padrões de casos de malária em consonância com os regimes fluviométricos da bacia amazônica. métodos foram utilizados métodos de estatística descritiva e inferencial nos dados de casos de malária e nível d’água para 35 municípios do estado do amazonas, no período de 2003 a 2014. resultados: a existência de uma tendência que module a sazonalidade dos casos de malária, devido a períodos distintos de inundação dos rios, foi demonstrada. diferenças foram observadas na variabilidade hidrológica anual, acompanhada por diferentes padrões de casos de malária, mostrando uma tendência de remodelação do perfil epidemiológico em função do pulso de inundação. conclusão: o estudo sugere a implementação de estratégias regionais e locais, considerando os regimes hidrológicos da bacia amazônica, possibilitando ações municipais de atenuação da malária no estado do amazonas. palavras-chave: hidrologia. malária. distribuição espacial